Pemilu 2004 menganut sitem Pemilu proporsional terbuka di mana beberapa kursi diperebutkan dalam suatu daerah pemilihan. Pemilu untuk memilih anggota DPR, DPD, DPRD Provinsi dan DPRD Kabupaten/kota dilaksanakan dengan sistem proporsional dengan daftar calon terbuka. Cara ini belum pernah diterapkan pada pemilu-pemilu sebelumnya, walaupun secara teknis tidak jauh berbeda. Dalam sistem ini hak suara pemilih
terwakili secara proporsional karena di dalam surat suara tercantum nama Parpol dan nama calon.
Pemilu 2004 didasarkan atas Undang-undang No 12 Tahun 2003 Tentang Pemilu DPR, DPD dan DPRD dan Undang-undang No 23 Tahun 2003 Tentang Pemilu. Presiden dan Wakil Presiden. Pemilu 2004 berbeda dengan Pemilu 1999. Pertama, pada Pemilu 2004 anggota Parlemen (DPR, DPD dan DPRD), Presiden/Wakil Presiden dipilih secara langsung. Kedua, ada lembaga baru yang bernama DPD (Dewan Perwakilan Daerah) yang calonnya berasal dari tiap Provinsi sehingga tiap provinsi mempunyai wakil (senator seperti di AS) di Parlemen. Ketiga, untuk pertama kali dalam sejarah, sistem Pemilu Indonesia menerapkan daerah pemilihan (area election). Keempat, surat suara yang sangat variatif antara lain surat suara DPR, DPD, DPRD, dan Presiden/Wakil Presiden.Dalam penyelenggaraan Pemilu, KPU bekerja berdasarkan tahapan jadwal Pemilu Legislatif dan tahapan jadwal Pemilu Presiden dan Wakil Presiden. Tahapan pelaksanaan Pemilu Legislatif dan Pemilu Presiden 2004 berdasarkan jadwal yang dikeluarkan KPU sepeti pendaftaran Pemilih dan Pendaftaran Pen¬duduk Berkelanjutan, Pe¬metaan daerah pemilihan dan penetapan jumlah kursi DPR dan DPRD, pencalonan anggota Dewan Perwakilan Daerah DPR, DPD, DPRD, penetapan Daftar Pemilih Tetap (DPT), proses pendaftaran, verifikasi, dan penetap¬an partai politik peserta Pemilu 2004 dan kampanye peserta Pemilu.Pelaksanaan Pemilu yang obyektif telah diselenggarakan oleh KPU secara independen dalam rangka menghasilkan wakil rakyat terbaik. Hasil Pemilu 2004 menunjukkan dari seluruh pemilih yang terdaftar sebanyak 145 juta jiwa, jumlah pemilih yang menggunakan hak pilihnya sebanyak 124.420.339 jiwa (voters turnout 84%). Sedangkan warganegara yang tidak menggunakan hak pilihnya 25.580.030 (16%). Suara sah sebanyak 113.462.414 jiwa sedangkan suara tidak sah 10.957.925 jiwa. Dari 24 Parpol peserta Pemilu, hanya 16 Parpol yang berhasil meraih kursi di Parlemen. Dari 16 Parpol peraih kursi di Parlemen muncul 6 Parpol peraih kursi terbesar yaitu Partai Golkar (121 kursi), PDIP (109 kursi), PPP (58 kursi), Partai Amanat Nasional (57 kursi), Partai Demokrat (56 kursi), Partai Kebangkitan Bangsa (52 kursi) dan Partai Keadilan Sejahtera ( 45 kursi).Untuk mengawasi jalannya Pemilu, dibentuk Panitia Pengawas Pemilu (Panwaslu) berkedudukan di ibukota Republik Indonesia.Di samping Panwaslu ada juga pemantau pemilu baik dari dalam maupun dari luar negeri. Pemantau Pemilu dari dalam negeri mempunyai struktur organisasi berjenjang dari pusat hingga ke daerah yang akre¬ditasinya diberikan oleh KPU. Secara keseluruhan terdapat 112 lembaga pemantau Pemilu yang mendaftar untuk berpartisipasi sebagai pemantau, dengan rincian 90 berasal dari Pemantau dalam negeri dan 22 berasal dari Pemantau luar negeri yang lulus akreditasi dan mendapat sertifikat sebagai Pemantau Pemilu 2004.Di tengah sempitnya waktu, Komisi Pemilihan Umum (KPU mampu menyelenggarakan Pemilu Legislatif dan Pemilu Presiden /Wakil Presiden. Setelah Pemilu Legislatif pada tanggal 5 April 2004, KPU menyelenggarakan Pemilu Presiden /Wakil Presiden dalam dua putaran. Pemilu Presiden /Wakil Presiden putaran pertama berlangsung 5 Juli 2004. Sedangkan Pemilu Presiden/Wakil Presiden putaran kedua berlangsung 20 September 2004. KPU mampu menyelenggarakan 3 (tiga) kali Pemilu yang diikuti 150 juta pemilih dengan pengadaan logsitik yang sangat kompleks karena harus didistribusikan ke seluruh wilayah Indonesia Inilah untuk pertama kalinya rakyat Indonesia memilih Presiden dan Wakil Presiden secara langsung. Selama 32 tahun Presiden/Wakil Presiden dipilih oleh Parlemen (MPR). Pada Pemilu Presiden/Wakil Presiden putaran pertama maju 5 (lima) pasangan calon Presiden/Wakil Presiden yaitu pasangan calon Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Muhammad Jusuf Kalla, pasangan Amien Rais–Siswono Yudho Husodo, pasangan Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi, pasangan Wiranto Solahuddin Wahid dan pasangan Hamzah Haz-Agum Gumelar.Dari hasil Pemilu Presiden/Wakil Presiden putaran pertama, terdapat dua pasangan Presiden/Wakil Presiden yang memperoleh suara terbanyak yaitu pasangan Presiden/Wakil Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Muhammad Yusuf Kalla, dan pasangan Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi. Akhirnya yang terpilih menjadi Presiden/Wakil Presiden periode 2004-2009 adalah pasangan calon Presiden/Wakil Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Muhammad Yusuf Kalla. Pasangan Calon Presiden/Wakil Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan Muhammad Yusuf Kalla memperoleh 69.266.350 suara sedangkan pasangan calon Megawati Soekarnoputri-Hasyim Muzadi memperoleh 44.900.704 suara.Berkenaan dengan tingginya kinerja KPU dalam Pemilu 2004 itu, banyak pihak yang memuji atas keberhasilannya melaksanakan Pemilu 2004, yang bisa menjadi contoh kuat dan positif bagi Indonesia dan bagi demokrasi yang sedang marak di seluruh dunia. Pemilu tersebut menjadi contoh yang baik tentang demokrasi di Asia. Bahkan masyarakat internasional terutama Uni Eropa yang bermarkas di Brussels, menilai Pemilu yang baru berlangsung tersebut merupakan tonggak bersejarah dalam transisi demokrasi di Indonesia.Pemerintah AS juga memuji rakyat Indonesia atas keberhasilan melewati masa transisi menuju demokrasi secara mengesankan. Indonesia juga telah sukses menyelesaikan tahapan-tahapan Pemilu tahun 2004 ini, mulai dari Pemilu Legislatif April lalu, kemudian Pilpres putaran pertama Juli, hingga Pilpres putaran terakhir 20 September lalu dengan damai. Pelaksanaan Pemilihan Umum 2004 di Indonesia itu membuka mata dunia bahwa demokrasi dapat tumbuh dan berkembang dengan baik di Indonesia. Selain sebagai negara Muslim terbesar di dunia dan negara demokrasi terbesar ketiga di dunia, Pemilu di Indonesia juga harus melakukan pemilihan terhadap ribuan calon legislatif dan menyelenggarakan pemilihan Presiden dan Wakil Presiden secara langsung. Pelaksanaan Pemilihan Umum 2004 di Indonesia itu membuka mata dunia bahwa Islam dan demokrasi dapat tumbuh dan berkembang dengan baik di Indonesia. Seperti halnya pemerintah Amerika Serikat dan pemantau Pemilu Uni Eropa untuk Indonesia, The Carter Center pun memuji pelaksanaan Pemilu di Indonesia yang jujur, bersih, demokratis dan tenang, Pemilu dilaksanakan secara transparan dan jujur.Meskipun Pemilu 2004 yang dilaksanakan oleh KPU ini masih banyak kekurangan di sana-sini, sebagaimana dilaporkan dalam temuan-temuan para pemantau Pemilu dari dalam dan luar negeri, namun sejauh kekurangan tersebut tidak signifikan dan tidak terlalu prinsipil maka pujian dan ucapan selamat dari berbagai pihak kepada bangsa Indonesia merupakan cermin dari keberhasilan KPU dan bangsa Indonesia secara umum.